Однако общий гипсометрический уровень горной системы тогда был в 2—3 раза ниже современного. Межгорные впадины, открытые к эпиконтиненталь-ному бассейну Турана (Ферганская, Зеравшанская, Ангренская, Чуй-ская, Сурхобская и др.), часто затапливались морем, а разделявшие их отроги хребтов Западного Тянь-Шаня вдавались в море мысами, переходящими дальше в архипелаги островов. Внутренние впадины Тянь-Шаня, полностью замкнутые его хребтами (Нарынская, Иссыккульская, Аксайская, Текесская и др.), хотя и лежали выше уровня моря, но незначительно.
Отложения палеогена в межгорных впадинах Тянь-Шаня представлены красноцветными образованиями, которые рассматриваются как продукты размыва красноземных кор выветривания, покрывавших плоские вершины возвышенностей. Высота глыбовых хребтов палеогенового Тянь-Шаня, за исключением, может быть, отдельных массивов, не превосходила 2000 м — уровня, до которого ныне распространяются по вертикали красноземные почвы.
Хребты палеогенового Тянь-Шаня были не только ниже современных, но и меньше их по широте. Тогда еще не было обширных предгорных поясов и даже некоторых передовых хребтов; на месте их располагались плоские увалы и низкие ступени, составлявшие периферические части впадин. Эрозионное расчленение хребтов в палеогене было еще слабым, о чем можно судить по незначительному развитию среди выносов грубого обломочного материала, не подвергшегося воздействию процессов химического выветривания. Для ландшафта палеогенового Тянь-Шаня были характерны обширные участки пенеплена, располагавшиеся на различных гипсометрических уровнях, образовывавшие как днища впадин, так и плоские вершины гор.