По распространению отложений палеогена и типам их разрезов на территории Индонезии намечается четыре основных ландшафтных зоны того времени: Сундская суша, Яванско-Целебесский шельеф и Молуккское море.
Сунда, включавшая Малайю и Юго-Восточную Суматру, Западный и Центральный Борнео, а также западные части Южно-Китайского и Яванского морей, характеризуется отсутствием отложений палеогена, очевидно, в связи с существовавшим здесь положительным рельефом. Исключение составляли единичные впадины, в которых палеоген выражен континентальными фациями (Центральная Суматра, бассейн Мелави на Борнео).
Яванско-Целебесский рельеф в начале периода был сушей, на которой осадки этого возраста не накапливались. В эоцене он подвергся погружению и стал зоной распространения периодически затапливавшихся приморских равнин. Еще позднее здесь установился режим морского мелководья с отдельными плоскими островами.
Молуккская зона отличалась устойчивым погружением и господством условий открытого моря. В ней разрезы палеогена обладают наибольшей полнотой и, за исключением отдельных мест, лишены континентальных элементов. Молуккская зона распространялась на всю юго-восточную часть архипелага до Филиппинско-Гвинейского барьера.
Рельеф области Индонезийского архипелага в палеогене был относительно плоским, на что указывает однородный фациальный состав отложений и небольшая амплитуда колебаний их мощности.